“市委市直机关工委”几经变迁，多次更改称谓。其前身最早始建于1949年12月由淄博工矿特委领导的“第一直属党委会”和“第二直属党委会”，由陆龙江、孙子贞同志分任党委书记，内部未设科室。1950年5月，中共淄博地委将“第一、二直属党委会”合建为“直属机关党委”，下设组织科、宣传科、团直属机关工委、直属机关监察委员会，由陆龙江、李荆和（兼）同志先后任党委书记。1953年7月，“淄博地委直属机关党委”再次更名为“淄博工矿特委直属机关党委”，宋福永同志任党委书记，下设组织科、宣传科、团直属机关工委，下属单位“淄博特委直属机关干部业余文化补习学校”。1955年改建为“淄博市直机关党委”，孙圣范、陈玉璋先后任党委书记，下设组织科、宣传科、机关团委，下属单位“市直机关干部业余文化补习学校”。1961年10月，市直机关党委随市委由博山移驻张店，由曹明楼（兼）任机关党委书记，增设市直机关武装科（部），1962年后张国权、刘盾先后任机关党委书记。

1966年“文化大革命”开始，“市直机关党委”受到冲击陷入瘫痪，1967年1月被夺权，干部下放“五七”干校劳动。1968年“淄博市革命委员会”建立了“淄博市革委政治部”，由政治部直工组分管机关党的工作。1972年3月，撤销“直工组”组建“中共淄博市革委机关临时委员会”，隶属市革委政治部，于福泉、孙卓云同志先后兼任党委书记，内部未设科室。1974年3月，市革委政治部撤销后，隶属淄博市委。
“文革”后，机关党的工作得到恢复和发展。1979年2月，恢复成立“中共淄博市直属机关委员会”，设办公室、组织科、宣传科、机关纪委、机关团委和市级机关武装部，孙卓云、冯仁常、范青山、孙立义、郭思忠同志先后任（兼）书记，1981年6月恢复“市直机关干部业余文化补习学校”，1983年撤销“市级机关武装部”，1984年12月改“市直机关干部业余文化补习学校”为“市直机关干校”，1986年5月“市直机关干校”改建为“市职工教育中心”，隶属市职教办。1990年9月成立“市直机关工会”。1990年12月成立“市直机关妇委会”。

1991年12月“中共淄博市直机关委员会”改建为“中共淄博市委市直机关工作委员会”，为市委的派出机构，市委部委级建制，王德芝（兼）、高京乾、王怀义同志先后任工委书记，设办公室、组织科、宣传科、调研科、市直机关纪工委、市直机关工会工委、市直机关团工委、市直机关妇工委。1996年11月机关机构改革，撤销妇工委。1996年12月至2001年5月市直机关工委的建制没有变化。
2001年6月《中共淄博市委机构改革方案》和《中共淄博市委机构改革实施意见》，将市直机关工委确定为市委主管机关党建工作的职能部门，增加协调和指导市直机关有关防范和处理邪教问题的工作职能，刘峰同志任市委市直机关工委书记。编制26名。下设四个职能科室：办公室、组织科、宣传科、调研科。三个派出机构：市直机关纪工委（挂市直机关“610”办公室的牌子）；市直机关工会工委（挂市直机关妇工委的牌子）；市直机关团工委。下辖市直机关党组织98个，其中机关党委23个，直属党总支28个，直属党支部47个，党员7059人。